傳說，撫仙湖的名字來源于一個神話故事。深居天宮的玉皇大帝步出宮門，遠眺人間，發現一顆形如葫蘆的明珠，美麗至極玉皇大帝為之傾倒，急傳肖、石二仙立即下凡，描摹這人間美景，帶回天庭，裝點天宮。
但是肖、石二仙只顧搭手撫肩地觀看，并贊嘆不已，竟癡癡迷迷地忘了畫畫，忘了歸期。一日復一日，一年復一年，他們定定地站在那里，陶醉在迷離美景之中。 久而久之，兩位神仙變成了兩座石峰搭手撫肩、俯視明珠，故稱「撫仙湖」。
不過，更令人們注意的是撫仙湖至今為止有八大未解之謎。因為撫仙湖的水清澈見底、晶瑩剔透，被古人稱為「琉璃萬頃」。 據說在風平浪靜時，站在附近的山頂，可以隱約看到撫仙湖下有一座古城。
1992年，一個叫耿衛的潛水員在撫仙湖東北面水域，發現湖水在這里變淺。他便下潛至水下約9米的地方，看到長滿水垢和青苔的石梁，順著石梁向下， 發現這里的地質狀況非常奇特，由此引出震驚全國的水下古遺址。
2005年考古隊進駐撫仙湖，進一步的探測，發現古城是有8座建筑組成的古建筑群，其中一座高20米、相于十層樓高的金字塔形建筑物最引人注目。 接著又發現了一個底座寬為63米、高21米類似古羅馬「斗獸場」的巨大建筑，在建筑群中間，還有一條300米長、7米寬鐫刻著精美圖案的石板路。
考古隊初步考證，這是一座2000前的古城，很可能是歷史上記載的俞元城。據記載：西漢王朝在撫仙湖一帶設立了俞元城，可是俞元城到隋唐以后再沒有任何記載。 澄江當地一直流傳這樣的傳說，「俞元古城和人都沉到湖底」。很多專家傾向于認定水下城市就是俞元城。
第二個未解之謎便是：海馬。據道光《澄江府志》「雜異」載：「在撫仙湖中，有物如馬狀 ，渾身潔白，背負紅斑，丈尺許，時出游水面，迅速如飛，見者屢獲吉應。」同樣的事件，最近的記載是民國年間的《江川縣志》，記載過海馬的出現。
第四個未解之謎：湖中存有大魚。撫仙湖里面的大魚，可不是一般意義上的大魚。1992年祿充村漁民從撫仙湖中捕到一條大青魚，長155厘米，重64公斤，此魚曾用藥水作防腐處理，在祿充博物館展出。隨后，又有一條重達73公斤的「青魚王」被捕獲。
第五個未解之謎：萬魚朝圣。每年的夏秋時節都能看到東南水域大約一兩百畝的水面上，黑壓壓一大片，全是將近半米長的黑色青魚，一個擠一個，浮在水面，全部繞著島游動，場面相當宏大，仿佛是水中萬國來朝一般，是極其罕見的水族盛況。
第六個未解之謎：怪石界魚。撫仙湖和星云湖中間的隔河上，有一塊「界魚石」，撫仙湖的抗浪魚和星云湖的大頭魚，游到此處各自回頭，形成了有名的「兩湖相交，魚不往來」的奇觀。有人說那石頭似一個齜牙咧嘴的貓頭，它的倒景在河里，魚兒怕貓，所以不敢越界。
撫仙湖不是海洋，卻她的美與神秘都可與海洋比肩。 關于撫仙湖的故事，就像湖水一樣不停流淌，在人們的口口相傳中，撫仙湖愈加神秘迷人……玉溪撫仙湖，就是那個值得讓妳停留的存在。
